En 1936 la Guardia Civil la componen 33.500 hombres, una tercera parte de los efectivos del Ejército. Son profesionales, conocedores del terreno y desplegados en todo el territorio nacional. Por ello es decisiva en el desarrollo de los acontecimientos iniciales, se puede afirmar que la sublevación triunfa donde se sumó la Guardia Civil y fracasa donde ésta permanece fiel a la República.

La Guardia Civil quedó dividida, igual que España. El Inspector General del Cuerpo, general Pozas, se mantiene fiel a la República y da instrucciones de permanecer leales al poder legalmente constituido. Ejemplos de esa división: los guardias civiles sublevados en Albacete son asesinados y arrojados al mar en Cartagena, mientras el coronel Escobar y el general Aranguren en Barcelona se mantienen fieles a la República; acabada la guerra, son condenados y fusilados.

Tras el alzamiento, la confrontación con dotaciones del Cuerpo se generaliza en todo el país, y ejemplo de ello es Andalucía, donde en los tres primeros meses, y solo en Sevilla, Granada y Córdoba, perecen 712 guardias civiles, en su mayor parte defendiendo sus cuarteles. En otros lugares, los guardias civiles protagonizan episodios de resistencia al asedio de las fuerzas gubernamentales, como ocurre en Oviedo, el Alcázar de Toledo o el Santuario de la Virgen de la Cabeza (Jaén).

El recuento final de bajas del Cuerpo arroja la cifra escalofriante de 2.714 muertos y 4.117 heridos, el 20 % de sus efectivos iniciales.

El Instituto continuó existiendo como tal en el bando nacional, pero en el lado republicano se reorganizó primero como Guardia Nacional Republicana en agosto de 1936, para desaparecer totalmente en diciembre del mismo año, con la unificación de todos los cuerpos policiales en un sólo Cuerpo de Seguridad.